IA menjadi Menteri Kesehatan paling lama yang menangani asuransi kesehatan melalui Badan Penyelenggara Jaminan Sosial (BPJS) Kesehatan. Diresmikan pada 31 Desember 2013, sistem kesehatan nasional yang masih compang-camping itu dihadapi dokter mata ini. Nila Moeloek dituntut membuat regulasi, terutama Pedoman Nasional Pelayanan Kedokteran (PNPK), yang akan menjadi rujukan penanganan penyakit pasien.

Hingga lengser dari kabinet periode pertama Pre