Penyerangan terhadap jemaat Gereja Santa Lidwina, Sleman, memperkukuh penilaian bahwa Yogyakarta makin tidak toleran. Menjadi tempat berbaur orang berbeda latar belakang budaya dan keyakinan, Yogyakarta kini menghadapi krisis toleransi amat serius.

Sebelum penyerangan gereja tersebut, kelompok intoleran di wilayah itu berulang kali menyerang mereka yang berbeda keyakinan. Kelompok garis keras pernah menghentikan pembangunan gereja, membubarkan