Abu Bakar Ba’asyir menempuh jalan panjang dan berliku. Kisahnya dimulai pada dekade 1980, ketika rezim Orde Baru bersikap keras terhadap para tokoh gerakan Islam. Pada 1983, Abu Bakar Ba’asyir dan karibnya yang jadi pentolan Pesantren Al-Mukmin, Ngruki, Abdullah Sungkar, kepatil tuduhan subversif. Mereka dianggap menghasut orang agar menolak asas tunggal Pancasila.

Lebih gawat lagi, keduanya juga dituduh sebagai bagian dari gerakan Hispran