PRATIKNO sebetulnya bukan pilihan pertama Presiden Joko Widodo untuk menduduki kursi Menteri Sekretaris Negara. Menurut sejumlah narasumber, Jokowi semula menginginkan guru besar Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, Cornelis Lay, berada di posisi itu. Cornelis membawa Pratikno kepada Jokowi menjelang pemilihan Wali Kota Solo 2005.

Setelah menjadi Menteri Sekretaris Negara, Pratikno tak tergantikan selama sepul