Polisi menuding Abu Dujana berada di balik berbagai peristiwa pengeboman di Indonesia. Dia terlibat peledakan bom di Paddy’s Cafe dan Sari Club di Bali, bom Marriott di Jakarta, serta sejumlah bom di Poso, Sulawesi Tengah. Berikut daftar dosa Abu Dujana versi polisi.

Filipina

• Mengirim sejumlah ustad ke kamp pelatihan Hudaibiyah di Moro.
• Mengontrol Kamp Jamaah Islamiyah di Jabal Quba, Mindanao.
• Bertanggung jawab atas operasi militer di Jaba