1983-1885 Ja’far Umar Thalib, yang tak tamat Pendidikan Guru Agama Negeri Malang, nyantri di Pesantren Persatuan Islam (Persis) di Bangil, Pasuruan, Jawa Timur.

1986 Ja’far melanjutkan pendidikan ke Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Bahasa Arab (LIPIA), Salemba, Jakarta, pada 1986.

1987-1989 Ia masuk ke Pakistan dan belajar paham salafi dari Syekh Jamil Rahman, tokoh spiritual Taliban, di Kota Kunar. Ia ikut ke Afganistan dan bergabung