Pada saat ini otonomi daerah berhadapan dengan sejumlah masalah yang tidak sepenuhnya diantisipasi sejak awal. Masalah tersebut dapat dikelompokkan ke dalam sekurang-kurangnya empat kategori persoalan. Pertama, persepsi dan resepsi yang berbeda ataupun keliru terhadap otonomi daerah dan Undang-Undang No. 22/1999 serta Undang-Undang No. 25/1999,