Pertaruhan paling serius bagi pemerintah Indonesia dalam krisis Ambalat adalah apakah kawasan itu dapat dipertahankan. Trauma kekalahan Indonesia dalam sengketa Pulau Sipadan dan Ligitan di Mahkamah Internasional, pada tahun 2002, sepertinya masih membayang. Pemerintah pasti tak ingin hal itu terulang lagi kini.

Muncul sedikit keraguan di sebagian elite politik Indonesia jika krisis Amba