Pekerjaan rumah kebun botani tertua di Indonesia ini sebagai kawasan konservasi ex situ sangat besar seiring dengan kian terancamnya keanekaragaman hayati oleh deforestasi, alih fungsi hutan, dan bencana alam. Menurut Global Strategic for Plant Conservation, sebuah kawasan konservasi ex situ harus mengoleksi 75 persen spesies yang terancam. Kebun Raya Bogor baru dapat mengoleksi 147 spesies dari 467 spesies tumbuhan Indonesia yang terancam versi